宏基因組學(xué)是分析特定環(huán)境中微生物基因組的學(xué)科,通過(guò)隨機(jī)打斷微生物組總DNA、構(gòu)建插入片段文庫(kù)并進(jìn)行雙端高通量測(cè)序來(lái)研究微生物的功能活性、多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系及其與環(huán)境的關(guān)系。宏基因組測(cè)序具有高通量、快速和全面的特點(diǎn),在鑒定低豐度群落和挖掘基因資源方面展現(xiàn)出顯著優(yōu)勢(shì)。
分析內(nèi)容
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1. 數(shù)據(jù)預(yù)處理
2. 基因組組裝
3. 基因預(yù)測(cè)及豐度分析
3.1 基因預(yù)測(cè)及豐度統(tǒng)計(jì)
3.2 基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
3.3 預(yù)測(cè)結(jié)果基本信息統(tǒng)計(jì)
3.4 Core-pan基因分析
4. 樣品間相關(guān)性分析
5. 基因數(shù)目差異分析
6. 物種注釋(NR_mate數(shù)據(jù)庫(kù))
6.1 物種注釋匯總表
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6.2 Krona分析
6.3 物種豐度統(tǒng)計(jì)
6.4 樣品柱狀圖分析
6.5 樣品熱圖分析
6.6 物種主成分分析
6.7 樣品聚類分析
6.8 主坐標(biāo)分析(PCoA)
6.9 組間差異物種的Metastats分析
6.10 組間差異物種的lefse分析
7. 功能注釋(GO、KEGG、COG、CAZy、CARD、PHI數(shù)據(jù)庫(kù))
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備注:當(dāng)分組內(nèi)的生物學(xué)重復(fù)數(shù)目小于3時(shí),諸如Metastat,LEFSe等統(tǒng)計(jì)分析皆沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,將不進(jìn)行此類分析。